Замечательный по своей красоте и уникальный по разнообразию минералов уголок природы - Ильменские горы - издавна привлекает ученых и любителей камня. История исследования Ильмен началась более 200 лет назад, когда стало известно в России и Европе о богатстве и своеобразии Ильменских гор.

В разные годы здесь побывали известные немецкие ученые-минералоги и коллекционеры: И. Менге, А. Гумбольдт, Г. Розе, работали академики Н. И. Кокшаров, П. В Еремеев, А. П. Карпинский, Д. С. Белянкин, В. И. Вернадский, А. Н. Заварицкий, А. Е. Ферсман и многие другие.

В 1920 году Ильменские горы были объявлены минералогическим заповедником, одним из первых заповедников, созданных в России.

В 1935 г. Ильменский государственный заповедник был преобразован в комплексный, для сохранения и изучения не только минеральных богатств, а также флоры и фауны Ильменских гор и Южного Урала.

Основные задачи заповедника: проведение фундаментальных научных исследований геолого-минералогического и эколого-биологического профиля, естественнонаучное просвещение населения, охрана территории ООПТ федерального значения.

За долгую историю изучения заповедника разработано свыше 400 копей, определено 70 горных пород, 315 минеральных видов, впервые открыто 17 новых минералов.

В результате многолетних исследований природных комплексов Ильменского заповедника, Южного Урала и России выявлено около 600 новых видов растений и животных, в том числе для территории заповедника – более 200, Урала и России – около 400.

Национально значимым достижением является обеспечение сохранности и изучение территории заповедника как уникальной ООПТ с момента основания по настоящее время.

Музей заповедника, первое здание которого было построено в 1936 году, является крупным региональным центром экологического воспитания и естественнонаучного просвещения. Ежегодно музей посещают около 40 тыс. человек, в том числе около 500 иностранных ученых и гостей из 40 и более стран мира. Ежегодно проводятся массовые эколого-просветительские мероприятия, число участников которых достигает 2000 человек

С 2019 года Ильменский государственный заповедник является обособленным подразделением Федерального государственного бюджетного учреждения науки Южно-Уральский федеральный научный центр минералогии и геоэкологии Уральского отделения Российской академии наук.

Сокращенное наименование: ИГЗ ЮУ ФНЦ МиГ УрО РАН.