Мировую известность Ильменским горам принесла богатейшая самоцветная и редкометальная минерализация пегматитовых жил. На сегодня выделяют шесть типов жильных пегматитов по относительному возрасту и минеральному составу. Из 270 минеральных видов заповедника 230 видов встречается в пегматитах.
Минералы гипербазитов 36 Минералы гранитных (амазонитовых) пегматитов 32, 33, 34, 35, IX, VIII, XII Минералы гранитных (пироксеновых) пегматитов 29 Минералы гранитных (редкометальных) пегматитов 30, 31, IV, VI Минералы гранитных и щелочных пегматитов VII, X Минералы гранитных пегматитов и метаморфических пород XI Минералы карбонатитов 24 Минералы миаскитовых пегматитов 23, II, XIII, XIV Минералы пироксен-плагиоклазовых пегматитов, жильных фенитов 22 Минералы сиенитовых пегматитов 25, 26, 27, 28, III Минералы сиенитовых пегматитов и метаморфических пород I Минералы скарнов, метаморфических пород 37 Щелочные пегматиты (пироксеновые, миаскитовые, корундовые) V