Наиболее многочисленными гнездящимися видами озер заповедника являются чернозобые гагары, большие поганки, хохлатые чернети, чирки, кряквы и гоголи. В предыдущие годы С.Л. Ушков отмечает как гнездящиеся в заповеднике следующие виды: красноголовая чернеть, лебедь-кликун, чирок-свистунок,длинноносый крохаль, луток, лысуха, серая цапля, и, возможно, черный аист.